Od czasu studiów chemicznych Małgorzata Barańska jest związana z Wydziałem Chemii UJ. Małgosia uzyskała tamże tytuł mgr chemii (Badanie utleniania metanu na katalizatorze Pd/SiO2, 1992), doktora chemii (Badania struktur molekularnych cymetydyny i famotydyny, i ich kompleksów z wybranymi jonami metali metodami spektroskopowymi, 1999) oraz doktora habilitowanego (Zastosowanie mapowania ramanowskiego do analizy in situ związków biologicznie czynnych, 2007).
W swojej pracy naukowej Małgosia koncentruje się na badaniach związków biologicznych przy pomocy metod spektroskopowych, w szczególności spektroskopii ramanowskiej. Realizowane przez nią projekty badawcze dotyczą analizy wtórnych metabolitów roślin o znaczeniu medycznym, barwnikowym i przyprawowym. W tym kontekście szczególne miejsce zajmują badania nad pigmentami i barwnikami naturalnymi stosowanymi w dziedzinie konserwacji. Nowy kierunek badań, na którym Małgosia się koncentruje związany jest z rozwojem i leczeniem chorób cywilizacyjnych, czyli poszukiwaniem innowacyjnego leku o działaniu śródbłonkowym. Badania te będą realizowane w ramach nowotworzonego Jagiellońskiego Centrum Rozwoju Leków (JCET), którego jest członkiem.